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name: onescience-coder
description: 面向 OneScience 代码库的实现技能。用于用户已进入实现阶段时分析可行性、选择最小改造路径，并按需完成 DataPipe、模型、组件或配置相关代码实现。若用户只是询问技能路线、规划路径、先不要写代码或尚未授权实现，应先进入 onescience-workflow / onescience-role，而不是直接触发本 skill。
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# OneScience 代码实现

## 入口边界

如果用户只是要求“只告诉我技能路线”“先不要写代码”“先做规划”“先看怎么走”，或当前请求尚未授权实现代码，本 skill 不应继续做 DataPipe、模型或配置方案设计。

此时应返回上游路由语义：

- 当前应先进入 `onescience-workflow`
- 若已识别领域与任务类型，下一跳应进入 `onescience-role`
- `onescience-coder` 只能作为未来执行入口，不是当前下一跳

不要在这种情况下读取 datapipe / model / contract 卡片，也不要输出实现策略、文件落点或测试计划。

## 工作顺序

1. 如果上游已提供代码生成交接摘要，则先把它作为只读输入；不要在本 skill 内重新处理硬件探测逻辑。
2. 如果交接摘要中包含 `coder_reference_mode=assets_only`，不要读取 `./references/workflow.md`，直接按交接摘要读取 `./assets/` 下的模型卡、数据卡和组件契约。
3. 如果没有 `assets_only` 约束，再读 `./references/workflow.md`，理解 OneScience 的整体实现路径。
4. 复述任务，明确是数据、模型、组件还是配置问题。
5. 判断是否能直接复用现有实现；不能复用时，给出最小改造路径。
6. 只读取与当前任务直接相关的资料，再开始实现。

## 按需读取的资料

- 使用当前技能时，首先记录当前技能所在上层目录的绝对路径，并使用 `{onescience_path}` 变量指代，后续使用卡片时，若需要该路径则相应替换
- 做方案设计时，再读 `./references/first_round_guide.md`
- 开始实现前，再读 `./references/second_round_guide.md`
- 需要选模型时，先读 `./assets/models/model_index.md`
- 需要选 DataPipe 时，先读 `./assets/datapipes/datapipe_index.md`
- 需要选组件契约时，先读 `./assets/contracts/component_index.md`
- 上游交接 `tool_family=single-cell`、AnnData、Scanpy 或 scvi-tools 时，按需使用 `./assets/bio_single_cell_tools/` 下的脚本资产；这些是实现层资产，不从 `onescience-role/bio_domain/.../scripts` 读取新入口
- 上游交接 bulk RNA-seq、variant calling、long-read、functional genomics screen、post-transcriptional regulation 或 protein design validation workflow 时，按需使用 `./assets/bio_workflow_templates/`
- 上游交接 OneScience 生信模型训练、微调、模块修改、batch 协议或 datapipe adapter 任务时，按需使用 `./assets/bio_model_templates/` 下的 handoff 模板
- 上游交接 CRISPR guide、primer/probe、plasmid verification、restriction digest 或 RNA dot-bracket 轻量检查任务时，按需使用 `./assets/bio_molecular_templates/` 与 `./assets/bio_molecular_tools/`
- 上游交接 comparative genomics、pathogen surveillance、phasing/imputation/PRS、phylogenetics、population genetics/GWAS、Newick tree QC 或 GWAS summary stats QC 时，按需使用 `./assets/bio_population_templates/` 与 `./assets/bio_population_tools/`
- 上游交接 segmentation、WSI tiling、flow cytometry panel、IMC analysis、image manifest、label mask、cytometry event table 或 marker intensity QC 时，按需使用 `./assets/bio_cell_imaging_templates/` 与 `./assets/bio_cell_imaging_tools/`
- 上游交接 feature matrix metadata、sample sheet、biomarker model card、causal genomics、variant prioritization、pharmacogenomics handoff、biomarker split leakage 或 ctDNA VAF panel QC 时，按需使用 `./assets/bio_table_templates/` 与 `./assets/bio_table_qc_tools/`
- 上游交接 blot quantification、liquid handling protocol 或 ELN/protocol record 时，按需使用 `./assets/bio_protocol_templates/`
- 上游交接 omics database query、regulatory annotation query 或可复现分析报告骨架时，按需使用 `./assets/bio_knowledge_templates/` 与 `./assets/bio_report_templates/`
- 上游交接实验室仪器 ASM 转换、展平、校验或 parser 导出任务时，按需使用 `./assets/bio_lab_quality_tools/`
- 确认索引后，只继续读取命中的具体卡片，避免一次性加载全部资料
- 需要精确生成 MACE/UMA 训练、微调、验证或推理参数时，先读对应 `*_parameter_policy.md`，再使用：
  - 参数 Schema：`./assets/contracts/mace_parameter_schema.json` 或 `./assets/contracts/uma_parameter_schema.json`
  - 生成器：`./assets/contracts/mace_config_builder.py` 或 `./assets/contracts/uma_hydra_override_builder.py`
  - 校验器：`./assets/contracts/material_config_validator.py`
- 生成参数前必须先把数据探测、checkpoint 探测和任务类型整理成 JSON context；缺失高风险字段时让生成器失败，不要猜值。

## 设计与实现原则

- 优先复用已有组件、接口和目录结构
- 优先最小改动，不重写无关模块
- 明确哪些文件直接改、哪些只加适配层
- 如果上游已给出代码生成交接摘要，仅根据其中的设备适配、路径约束和入口要求实现代码
- 不要在本 skill 内部直接处理 Host、队列、module、conda 等硬件探测细节
- 如果任务本身就是“实现/修复代码”，可以在简短设计后直接进入编码，不必强制停在方案阶段
- 如果需求边界不清、改动范围大或风险高，再先输出方案并等待确认

## 链路续传原则

- 如果上游已明确传递 `required_chain=[onescience-coder, onescience-runtime]` 或 `final_execution_skill=onescience-runtime`，则当前任务在代码完成后仍未结束；必须继续把任务交接给 `onescience-runtime`
- 如果上游同时传递 `chain_continuation_required=true`，不要把“代码已完成”误判为“整条任务链已完成”
- 如果用户请求明确包含“跑一下”“提交”“验证运行”“SCnet”“SLURM”“下载日志”或其它执行信号，即使本轮主要工作是编码，也必须在输出中显式保留运行交接

## 验证原则

- 用户明确要求验证、测试、排查时，交给 `onescience-runtime` 的 `diagnose` 阶段；需要运行或日志证据时由 runtime 统一提交、同步和分类
- 不要把远程测试当成所有编码任务的前置门槛
- 没有执行证据时，不要声称“已验证通过”

## 输出要求

至少给出：

1. 问题理解
2. 可行性与复用点
3. 最小实现路径
4. 需要修改或新增的文件

如果进入编码阶段，再补充：

- 关键实现说明
- 尚未验证的风险点

如果上游已要求续传到 `onescience-runtime`，还必须补充：

- `next_action=onescience-runtime`
- `chain_continuation_required=true`
- `runtime_handoff`：至少包含本地脚本路径或入口文件、期望 `execution_mode`、`access_mode`、可选 `execution_channel`
- 若用户已授权执行、提交或验证运行，补充 `submission_authorized=true` 与 `authorization_scope`

## 禁止事项

- 不要在上游已指定 `onescience-coder -> onescience-runtime` 时，把代码完成误判为任务完成
- 不要在需要续传到 `runtime` 时省略 `next_action`、`chain_continuation_required` 或 `runtime_handoff`

## 文件落点

- 默认在当前项目目录下工作
- 只有当用户明确指定 `case` 目录时，才把生成文件固定写入 `case`