onescience-paper-repro · diff
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name: onescience-paper-repro
- description: 面向 OneScience 的论文复现前处理技能。用于用户要求复现论文、实现论文、paper to code、根据论文生成代码，或上游传递 task_method=paper2code / domain_task_family=paper-reproduction 时，负责下载或读取论文、解析论文内容、抽取复现所需信息，只生成 reproduction_spec.md 与 coder_task_description.md 两个核心产物；coder_task_description.md 必须完整承载 reproduction_spec.md 中所有已确定的实现相关内容，并作为 onescience-coder 唯一消费的编码任务输入。
+ description: OneScience 论文复现信息提取技能。作为 onescience-orchestrator 的执行技能，接收论文输入，提取结构化信息，生成编码任务提示词。输入：论文来源（PDF/URL/arXiv/DOI）或论文信息；输出：reproduction_spec.md（结构化规格）、coder_task_description.md（编码任务提示词）。不执行编码，不调用其他技能。
+ type: executor
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- # OneScience 论文复现前处理
+ # OneScience 论文复现信息提取
## 职责边界
- 本技能只负责把论文转成可执行的复现规格，不直接实现模型代码。
+ 本技能负责从论文或论文信息中提取结构化的复现规格，并生成编码任务提示词，**不具备编码权限**。
- 当用户提供论文标题、DOI、arXiv 链接、PDF 链接、本地 PDF、正文片段，或明确要求“复现论文 / 实现论文 / 根据论文生成代码 / paper to code”时，先使用本技能完成论文获取、解析、信息抽取和任务描述生成，再把产物交给 `onescience-coder`。
+ - 作为执行技能：由 `onescience-orchestrator` 调用，接收标准化输入，返回标准化输出。
+ - 核心职责：论文获取、解析、信息抽取、任务描述生成。
+ - 不负责：编码实现、调用其他技能、任务规划。
不要搜索、打开、下载、clone、复制或参考 GitHub/GitLab/Bitbucket、official code、repository、source code、model zoo、package implementation、官方实现或第三方复现。论文复现规格必须来自论文正文、附录、补充材料、用户提供材料和公开数据/论文页面信息；若论文没有说明，实现必须选择的项要标记为待决策假设。
+ ## 输入输出接口
+
+ ### 输入（从 onescience-orchestrator 接收）
+
+ ```json
+ {
+ "paper_source": "论文来源，可为：arXiv URL、DOI、PDF 路径、论文标题",
+ "paper_content": "可选：用户提供的论文正文片段或补充材料",
+ "output_dir": "可选：用户指定的最终代码输出目录",
+ "domain_hint": "可选：领域提示（earth/cfd/materials/biology）"
+ }
+ ```
+
+ ### 输出（返回给 onescience-orchestrator）
+
+ ```json
+ {
+ "status": "success | partial | failed",
+ "paper_workdir": ".paper2code_work/<arxiv_id>/",
+ "reproduction_spec_path": "reproduction_spec.md 路径",
+ "coder_task_description_path": "coder_task_description.md 路径",
+ "coder_task_description_content": "coder_task_description.md 完整内容",
+ "key_gaps": ["关键缺口列表"],
+ "key_assumptions": ["实现假设列表"],
+ "metadata": {
+ "task_method": "paper2code",
+ "domain_task_family": "paper-reproduction",
+ "coder_reference_mode": "assets_only",
+ "coder_static_review_required": true
+ }
+ }
+ ```
+
## 总控流程
- 本技能把论文材料转换成 `onescience-coder` 可直接消费的复现任务书。总控流程只负责编排阶段，不在主技能文件中写领域特例或单篇论文特例。
+ 本技能把论文材料转换成结构化复现规格和编码任务提示词。总控流程只负责编排阶段，不在主技能文件中写领域特例或单篇论文特例。
核心产物只有：
- - `reproduction_spec.md`：前处理阶段的结构化事实源和审计产物。
- - `coder_task_description.md`：下游唯一编码输入，必须完整承载 `reproduction_spec.md` 中所有已确定内容。
+ - `reproduction_spec.md`：结构化事实源和审计产物。
+ - `coder_task_description.md`：自包含的编码任务提示词，必须完整承载 `reproduction_spec.md` 中所有已确定内容。
- `onescience-coder` 只消费 `coder_task_description.md` 的路径和全文，不读取 `reproduction_spec.md` 补齐细节。
+ 编码任务提示词必须自包含，不应要求下游再读取其他文件补齐细节。
执行时按顺序读取以下独立 workflow：
1. `./references/acquisition_text_workflow.md`
- 负责论文来源识别、PDF/正文获取、文本提取、内容完整性校验和工作目录组织。
2. `./references/structured_extraction_workflow.md`
- 负责解析论文正文、表格、图注、算法框、附录和补充材料，先生成 `paper_content_summary.md`，再根据摘要召回领域知识并生成结构化 `reproduction_spec.md`。
3. `./references/audit_workflow.md`
- 负责把 `reproduction_spec.md` 对照论文内容迭代校验和修复，直到 spec 正确或只剩明确 `MISSING:` / `ASSUMPTION:`。
4. `./references/coder_handoff_workflow.md`
- 负责从审计后的 `reproduction_spec.md` 展开生成自包含 `coder_task_description.md`，并完成交接。
解析论文和审计时，先总结论文内容，生成 `paper_content_summary.md`；再根据摘要中的任务、数据对象、模型关键词和评估关键词，读取 `./assets/domain_knowledge/` 下各领域文件的表头摘要，召回对应领域知识：
- `earth.md`：气象、海洋、地球系统。
- `cfd.md`：流体、PDE、CFD。
- `materials.md`：材料、化学、原子尺度建模。
- `biology.md`：生信、生命科学。
领域知识只能辅助提取和审计，不得覆盖论文证据；如果领域经验与论文描述冲突，以论文正文、表格、公式、算法框、附录和补充材料为准。领域知识中的字段只有被论文或用户材料支持时，才能写入确定要求。
## 工作顺序
1. 识别论文来源：本地 PDF、URL、arXiv/DOI、标题检索或用户粘贴正文。
2. 解析并规范化论文工作目录：
- 必须把下载或复制的论文材料保存到 `.paper2code_work/<id>/`。
- `<id>` 优先使用不带版本号的 arXiv ID；没有 arXiv ID 时使用 DOI slug；仍无法识别时使用标题 slug。
- 若能识别 arXiv ID，固定使用 `.paper2code_work/<arxiv_id>/`，例如 `.paper2code_work/2406.01465/`。
- 下载的论文 PDF、补充材料、解析文本、摘要、结构化规格和交接任务书都写入该目录。
- 用户指定的输出目录只表示最终复现代码落点，不改变论文解析工作目录。
3. 按顺序加载并执行：
- `./references/acquisition_text_workflow.md`：下载、提取文本和内容完整性校验。
- `./references/structured_extraction_workflow.md`：解析论文、生成 `paper_content_summary.md`，根据摘要召回领域知识，并生成结构化 `reproduction_spec.md`。
- `./references/audit_workflow.md`：对照论文内容审计并修复 `reproduction_spec.md`，直到 spec 正确或只剩明确缺口/假设。
- - `./references/coder_handoff_workflow.md`：生成自包含 `coder_task_description.md` 并交接给 coder。
+ - `./references/coder_handoff_workflow.md`：生成自包含 `coder_task_description.md`。
4. 在论文工作目录中生成两个核心产物：
- `reproduction_spec.md`：中文为主、全面且准确的结构化复现规格，必须覆盖论文来源元数据、证据位置、任务、数据、处理、模型、损失、训练、推理、评估、配置、领域专属信息、缺口和假设；不能只抽取摘要或主方法。
- - `coder_task_description.md`：中文为主、清楚详细且自包含的自然语言实现任务描述，必须从 `reproduction_spec.md` 展开生成，并完整覆盖其中所有已确定内容；不得只写摘要、不得要求 `onescience-coder` 再读取 `reproduction_spec.md` 才能获得完整细节。
+ - `coder_task_description.md`：中文为主、清楚详细且自包含的自然语言实现任务描述，必须从 `reproduction_spec.md` 展开生成，并完整覆盖其中所有已确定内容；不得只写摘要，必须自包含所有实现细节。
- 不要生成 `paper_source.json`、`evidence_index.md` 这类额外交接文件；来源信息和证据位置直接写入 `reproduction_spec.md`。
- 生成后必须逐条核对 `reproduction_spec.md` 的每个非空、非纯缺失项是否已进入 `coder_task_description.md`；没有进入的内容要补写，不能留给下游自行综合。
- 生成前必须完成一致性审计：变量清单与通道数、输入/输出 shape、时间步融合、per-node/per-edge learnable features、loss target、权重公式、评估指标和所有实现假设不得自相矛盾；论文未明确给出的公式或数据格式只能写为 `ASSUMPTION:`，不能写成事实。
- - 涉及变量数和通道数时，必须生成 `variable_channel_ledger.json` 并用 `./scripts/variable_channel_audit.py` 做机械校验；校验失败不得交接给 `onescience-coder`。
- 5. 交接给 `onescience-coder` 时必须显式提供：
- - `paper_repro_handoff=true`
- - `task_method=paper2code`
- - `domain_task_family=paper-reproduction`
- - `task_description_path=<coder_task_description.md 路径>`
- - `task_description_content=<coder_task_description.md 全文>`
- - `paper_workdir=<.paper2code_work/<arxiv_id>/ 路径>`
- - `coder_reference_mode=assets_only`
- - `coder_static_review_required=true`
- 6. `reproduction_spec_path` 可在给用户的结果中保留用于审计和追溯，但不要把它作为 `onescience-coder` 的编码输入；`onescience-coder` 只消费 `coder_task_description.md` 的路径和全文执行编码任务。
- 7. 交接给 `onescience-coder` 前，必须在回复中复述 `coder_task_description.md` 的完整内容；不能只给路径，也不能只复述主要内容。
+ - 涉及变量数和通道数时，必须生成 `variable_channel_ledger.json` 并用 `./scripts/variable_channel_audit.py` 做机械校验；校验失败则标记为 partial 状态并说明原因。
+ 5. 生成标准化输出（JSON 格式），包含所有必要的元数据和产物路径，返回给 `onescience-orchestrator`。
## 输出要求
- 最终回复至少包含：
+ 最终必须返回标准化 JSON 格式输出（符合"输入输出接口"章节定义），包含：
- - 已解析的论文来源与保存位置
- - 论文工作目录，例如 `.paper2code_work/2406.01465/`
- - `reproduction_spec.md` 路径
- - `coder_task_description.md` 路径
- - `coder_task_description.md` 的完整内容复述
- - 关键缺口或实现假设
- - 下一步交接：`next_action=onescience-coder`
+ - `status`：success（完整提取）、partial（部分提取/有重要缺口）、failed（无法处理）
+ - `paper_workdir`：论文工作目录路径
+ - `reproduction_spec_path`：结构化规格文件路径
+ - `coder_task_description_path`：编码任务提示词文件路径
+ - `coder_task_description_content`：编码任务提示词完整内容
+ - `key_gaps`：关键缺口列表
+ - `key_assumptions`：实现假设列表
+ - `metadata`：包含 task_method、domain_task_family 等元数据
- 如果论文无法获取或解析，不要编造细节；输出已获得信息、缺失项和需要用户补充的最小材料。
+ 如果论文无法获取或解析，设置 `status=failed`，在 `key_gaps` 中说明原因和需要用户补充的材料，不编造细节。